Tokugawa Şogunluğu’nun hüküm sürdüğü Edo Dönemi boyunca (1603-1868) büyük oranda dış dünyaya kapalı bir yönetim anlayışı benimsemiş olan Japonya’yla dostluk temeline dayalı ilişkilerimizin kökleri 19. yüzyılın sonlarına dayanmaktadır.

Japonya ile Osmanlı İmparatorluğu arasındaki ilk üst düzey temas 1887 yılında İstanbul’u ziyaret eden Japon İmparatoru’nun amcası Prens Komatsu tarafından gerçekleştirilmiştir. Prens Komatsu ve beraberindeki heyet İstanbul’da sıcak bir şekilde karşılanmış, Sultan II. Abdülhamid tarafından Yıldız Sarayı’nda kabul edilmiştir. Prens Komatsu ile Sultan II. Abdülhamid uluslararası meselelerle ilgili görüş alışverişinde bulunmuşlar, bu vesileyle heyete çeşitli nişanlar takdim edilmiştir. Prens Komatsu ve Japon heyetinin Osmanlı İmparatorluğu’nda gördüğü sıcak ilgiye ve takdim edilen nişanlara karşılık Japon İmparatoru Meiji tarafından Sultan II. Abdülhamit’e hediye ve nişan gönderilmiştir.

Sultan II. Abdülhamit’in İmparator Meiji’ye mukabil hediyelerini ve dostluk mesajını götürmek üzere 1890 yılında Japonya’yı ziyaret eden Ertuğrul Fırkateyni dönüş yolunda Kushimoto kasabası açıklarında batmış ve 532 denizcimiz şehit olmuştur. Bu elim olay sonrasında önce Japon köylülerin denizcilerimizin kurtarılmalarına yönelik gayretleri, kazanın duyulmasıyla birlikte de Japon halkı ve makamlarının yaralılarımız ile şehitlerimizin ailelerine yönelik ilgi ve yardım kampanyaları Türk-Japon dostluğunun temellerini oluşturmuştur.

Türkiye ile Japonya arasındaki diplomatik ilişkiler 1924 yılında kurulmuş, Japonya nezdindeki ilk temsilciliğimiz 1925 yılında faaliyete geçmiştir.

İran-Irak Savaşı sürerken 1985 yılında Tahran’da mahsur kalan çok sayıda Japon vatandaşının Japon makamlarının yardım çağrısı üzerine zor şartlar altında Türk Hava Yolları tarafından Japonya’ya götürülmeleri de ilişkilerdeki bir diğer insani dönüm noktasını teşkil etmiştir.

İlişkilerimiz 2013 yılında “Stratejik Ortaklık” düzeyine yükseltilmiş olup, muhtelif alanlarda derinleştirilmesine çalışılmaktadır.

2024 yılında ülkemizle Japonya arasında diplomatik ilişkilerin tesisinin 100. yıldönümü idrak edilmiştir.

Sayın Cumhurbaşkanımız en son 27 Haziran-2 Temmuz 2019 tarihlerinde G-20 Osaka Zirvesi vesilesiyle Japonya’yı ziyaret etmiştir.

Dışişleri eski Bakanımız Sayın Mevlüt Çavuşoğlu, Japonya’nın dönemin Başbakanı ABE Shinzo’nun cenaze törenine katılmak üzere 26-27 Eylül 2022 tarihlerinde Japonya’yı ziyaret etmiştir.

Sayın Çavuşoğlu, ikili ilişkilerin güçlendirilmesine sağladığı katkılar nedeniyle Japon İmparatoru tarafından 2019 yılında Devlet Nişanı’yla taltif edilmiştir.

Japonya eski Dışişleri Bakanı Kamikawa Yoko, 15-17 Ocak 2024 tarihlerinde ülkemizi ziyaret etmiştir.

Diplomatik ilişkilerimizin tesisinin 100. yıldönümü vesilesiyle Japon Veliaht Prens ve Prensesi Akishino 3-7 Aralık 2024 tarihlerinde ülkemize ilk defa ziyaret gerçekleştirmiştir.

Türkiye Büyük Millet Meclisi Başkanı Prof. Dr. Sayın Numan Kurtulmuş, Japonya Temsilciler Meclisi Başkanı’nın davetine icabetle, 16-20 Şubat 2025 tarihlerinde Japonya’yı ziyaret etmiştir.

Japonya ile Türkiye arasındaki köklü ilişkilerin geliştirilmesi ve iki halk arasındaki bağların daha da güçlendirilmesi amacıyla geçmişte çok sayıda özel etkinlikler düzenlenmiştir. Bu çerçevede, 2003 yılı "Japonya'da Türkiye Yılı", 2010 yılı “Türkiye’de Japon Yılı”, 2019 yılı ise “Japonya’da Türk Kültür Yılı” olarak kutlanmıştır.