Ülkenin yönetim şekli Anayasal Monarşi’dir. İkinci Dünya Savaşının akabinde 1947 yılında kabul edilen Anayasa çoğulcu parlamenter sistem getirmiştir. Anayasa uyarınca, İmparator’un görev ve yetkileri tamamen törensel nitelikte olup, yönetim erkinin başı Başbakan’dır.

Ülkede iki kamaralı meclis sistemi bulunmaktadır. Ulusal Meclis Anayasa’da “en üst devlet kurumu” olarak tanımlanmaktadır. Temsilciler Meclisi (Alt Meclis) üye sayısı 465, Danışma Meclisi (Senato / Üst Meclis) üye sayısı ise 248’dir.

Ulusal Meclis; Başbakan’ın atanması, Hükümet’in feshedilmesi ve bütçenin onaylanmasında temel belirleyici kurumdur. Temsilciler Meclisi anayasal olarak Danışma Meclisi’ne göre daha güçlü bir konumdadır. Temel konulardaki bazı kararlarda sadece Temsilciler Meclisi söz sahibi olup, Danışma Meclisi tarafından alınan kararları da üçte iki çoğunlukla reddetme yetkisine sahiptir.

27 Eylül 2024’te yapılan Liberal Demokrat Parti (LDP) başkanlık seçimini eski Savunma Bakanı ve Parti Genel Sekreteri Shigeru Ishiba kazanmış, 1 Ekim 2024 tarihinde de Ulusal Meclis’in her iki kanadında yapılan oylama neticesinde ülkenin 102. Başbakanı olarak seçilmiştir. Yeni Başbakan Ishiba’nın inisiyatifiyle 27 Ekim 2024 tarihinde erken Temsilciler Meclisi seçimlerine gidilmesi kararlaştırılmış, seçim sonrasında 11 Kasım 2024 tarihinde yapılan oylama sonucunda Ishiba bu defa ülkenin 103. Başbakanı olmuştur.