Gümrük İşbirliği Komitesi, 15 Aralık 1969 tarihinde Ankara Anlaşması’nın 24. maddesine dayanılarak, 2/69 sayılı Ortaklık Konseyi Kararı ile tesis edilmiştir.

Komite ilk toplantısını 28 Ekim 1979 tarihinde gerçekleştirmiş ve 12 Kasım 1982 tarihinde yaptığı 9. toplantısından sonra 10 yıl süre ile toplanmamıştır. Komite, 3 Aralık 1992 tarihinde gerçekleştirdiği 10. toplantısından itibaren düzenli işleyen ve Gümrük Birliği’nin tamamlanması sürecinde gümrüklerle ilgili teknik konuları ele alarak Ortaklık Konseyi’ne önemli ölçüde yardım sağlamıştır. Gümrük Birliği’nin tamamlanmasından sonra ise Komite, görev alanı çerçevesinde karşılaşılan teknik sorunların ele alınıp çözümler arandığı aktif bir zemin halini almıştır.

Görevi, Ortaklık Anlaşması’nın gümrükle ilgili hükümlerinin doğru ve yeknesak bir şekilde uygulanması amacıyla imzacı taraflar arasında idari işbirliğini sağlamak ve Ortaklık Komitesi’nin gümrük alanında kendisine verebileceği her türlü diğer görevi yürütmektir.

Gümrük İşbirliği Komitesi, üye devletler gümrük uzmanları ve Komisyon servislerinin gümrük sorunları ile ilgili memurları ile Türk gümrük uzmanlarından oluşur ve yılda 2 kere düzenli olarak toplanır.